W głębi prezbiterium znajduje się ołtarz główny (1) ufundowany przez opata Michała Antoniego Hackiego w 1688 roku.
Na marmurowym cokole (wysokim na 1,80 m) ustawiono półkoliście 14 siedmiometrowych kolumn z piaskowca. W środku kolumnady znajduje się obraz Andrzeja Stecha przedstawiający Maryję i św. Bernarda jako orędowników oliwskiego opactwa. Na kolumnach spoczywa belkowanie przyozdobione wielkim kartuszem z herbem opata Hackiego pośród 16 mniejszych kartuszy ozdobnych. Powyżej mieści się stiukowe przedstawienie niebios pełne figur aniołów oraz postaci Starego i Nowego Testamentu. W centrum kompozycji znajduje się witraż przedstawiający Trójcę Świętą - jest to powojenne dzieło wykonane wg projektu Zofii Baudouin de Courtenay w miejsce zniszczonego w 1945 roku.
Po lewej stronie ołtarza znajduje się tabernakulum (2) z 1735 roku.
Dalej znajdują się renesansowe stalle (3) (fundacja opata Dawida Konarskiego. Dębowe, dwupoziomowe ławy są pozostałością po zespole ław klasztornych. Na ścianach prezbiterium znajdują sie malowidła (4) przedstawiające fundatorów i dobroczyńców klasztoru (ksiąząt pomorskich, królów Polski oraz Wielkiego Mistrza von Knipprode i margrabiego brandenburskiego Waldemara). Starsze malowidła, naścienne, (wykonane w latach 1583-1587 z inicjatywy opata Kacpra Geszkaua) przykryte są tablicowymi obrazami autorstwa Hermanna Hahna, który na nowo opracował portrety po 1613 roku.
Pośrodku prezbiterium znajduje się wejście do krypty grobowej kryjącej szczątki zakonników i niektórych książąt pomorskich. Obok płyty przykrywającej kryptę stoi współczesny ołtarz pełniący rolę głównego ołtarza katedry.
