Nawa poprzeczna, czyli transept, tej samej wysokości, co nawa główna.
W środkowej części transeptu, a więc na przecięciu z osią podłużną katedry sklepienie wspiera się na wspornikach ozdobionych pod koniec XVI wieku herbami. W tej części transeptu, w posadzce przed schodami prowadzącymi do prezbiterium znajduje się kilka płyt grobowych.
Na południowym filarze obok schodów umieszczono epitafia wspominające dwóch opatów: Kacpra Geschkaua znajdujące się w górnej części filaru i w niższej części filaru epitafium opata Dawida Konarskiego.
Na drugim z filarów łuku otwierającego prezbiterium znajduje się ambona z polowy XVIII wieku. Ufundowana przez opata Jacka Rybińskiego, zastąpiła wcześniejsze kazalnice. Ambonę zdobią pozłacane kartusze przedstawiające głównie sceny z życia świętego Bernarda. Powyżej daszku akustycznego widnieje postać triumfującego Chrystusa z krzyżem. Całość wieńczy umieszczona na filarze, ponad postacią Chrystusa, rzeźba anioła trzymającego wstęgę z napisem Spiritus meus super mel dulcis (Duch mój słodszy od miodu por. Syr. 24,20).
Północna część transeptu oddzielona jest od reszty kościoła balustradą wyznaczającą przestrzeń sakralną miejsce przechowywania Najświętszego Sakramentu. Tabernakulum znajduje się w ołtarzu bocznym ufundowanym przez opata Jana Grabińskiego w 1635 roku. Ołtarz przy północnej ścianie transeptu nazywany jest ołtarzem Zwiastowania lub ołtarzem św. Kazimierza.
Przy zachodniej ścianie znajduje się empora, a pod nią piękna rzeźbiona stalla z drewna dębowego wykonana w 1599 roku. Zdobią ją bogate ornamenty, herb fundatora opata Dawida Konarskiego oraz płaskorzeźby przedstawiające czterech Doktorów Kościoła.
Na przeciwnej, wschodniej ścianie możemy podziwiać dawny ołtarz główny kościoła. Został tu przeniesiony z prezbiterium by zrobić miejsce dla monumentalnego ołtarza fundacji opata Hackiego. Ołtarz powstał na samym początku XVII wieku, a jego fundatorami są opat Dawid Konarski oraz Rafał Kos, którego rodziców i braci upamiętnia grobowiec w nawie południowej. Trójkondygnacyjny ołtarz powstał zapewne w snycerskim warsztacie konwentu, a polichromie wykonał Wolfgang Sporer.
W południowej części transeptu znajduje się ołtarz św. Józefa ufundowany przez opata Jana Grabińskiego w 1637 roku. Na ścianie powyżej ołtarza umieszczono zegar, którego mechanizm pochodzi prawdopodobnie z końca XVI wieku, a ponad zegarem ozdobną tablicę poświęconą Trójcy więtej. Owalną płytę z przedstawieniem Trójjedynego otaczają promienie oraz postacie aniołów grających na instrumentach muzycznych.
W 1984 roku, na posadzce przed ołtarzem ustawiony został grobowiec książąt pomorskich. Sarkofag z czarnego marmuru powstał w 1615 roku z polecenia opata Dawida Konarskiego, w miejsce starszego, zniszczonego w roku 1577. Początkowo znajdował się w prezbiterium kościoła, ale pod koniec XIX wieku został przeniesiony do ambitu. Schody, które się tu znajdują prowadziły do dormitorium mnichów czyli do pomieszczeń mieszkalnych klasztoru. Wejście na schody ujęte jest w ufundowany w 1636 roku przez opata Jana Grabińskiego portal ozdobiony reliefem przedstawiającym świętego Piotra oraz herbem rodowym opata. Ten sam herb (Pomian) widnieje na ołtarzu św. Józefa, a także na portalu prowadzącym do zakrystii oraz, na znajdującym się tuż obok marmurowym lawatorium, czyli miejscem do obmywania rąk. Swą budową przypomina ono portal z wnęką zamiast przejścia. W środkowej części znajduje się miska i naczynie na wodę.
W południowej części transeptu znajduje się wsparta na kolumnach empora zdobiona malowidłami. Na niej zaś małe organy. Instrument ten zbudował Johann Wulf zanim przystąpił do pracy nad dużym instrumentem w nawie głównej. Organy poddano ostatnimi czasy gruntownej renowacji. Obecnie posiadają siedemnaście rejestrów, a ponieważ są podłączone do stołu gry głównego instrumentu, można na nich grać zarówno używając własnej klawiatury jak i z pulpitu dużych organów. Prospekt organowy ozdobiony jest złoconymi ornamentami oraz grupą rzeźb aniołów otaczających króla Dawida grającego na harfie ku chwale Boga.
