Jesteś w nawie południowej, ale w każdej chwili możesz skręcić w lewo i przejść pod filarami do nawy głównej lub jeszcze dalej do nawy północnej.
Nawa południowa jest o cztery przęsła krótsza od nawy głównej, jest też węższa od nawy północnej, bo nakrycie jej i krużganka wspólnym dachem uniemożliwiło rozbudowę. Na południowej (prawej) ścianie nawy umieszczono w 1970 roku płyty nagrobne (1), wyjęte z posadzki katedry dla zabezpieczenia przed zatarciem. Są to płyty nagrobne opatów i protektorów klasztoru żyjących w XVII i XVIII wieku.
Z nawy południowej można przejść do dawnego klasztoru cystersów (obecnie zajmowanego przez Muzeum Archidiecezjalne i Gdańskie Seminarium Duchowne), gdyż znajdują się tam dwa wejścia (2) prowadzące na klasztorne krużganki (4).
Obok jednego z tych wejść (zachodniego) umieszczono na ścianie epitafium pierwszego gdańskiego biskupa - Edwarda O'Rourke (3).
Idąc wzdłuż nawy południowej dotrzesz do nawy poprzecznej czyli transeptu.
