Nawa północna znajduje się po lewej stronie kościoła - patrząc w kierunku ołtarza. Tak jak nawa główna liczy dziesięć przęseł długości, a nakryta jest sklepieniem gwiadzistym - czteroramiennym. Oświetla ją osiem zamkniętych ostrymi łukami okien. W posadzce nawy znajduje się kilka płyt nagrobnych, lecz tylko niektóre z nich nie są zatarte. Na samym początku nawy północnej, przy zachodniej ścianie, znajduje się grobowiec rodziny Kosów (1). Pierwotnie był on ustawiony w nawie głównej, ale gdy kościół klasztorny stał się parafialnym grobowiec został ustawiony w obecnym miejscu. Grobowiec powstał w warsztacie Wilhelma van der Blocka. Rzeby na grobowcu przedstawiają rodzinę Kosów: Mikołaja Kosa (zm. 1599) wraz z małżonką Justyną z Konarskich oraz ich synów: Andrzeja i zmarłego w dzieciństwie Jana. Nagrobek połączony jest z opata pelplińskiego Feliksa Kosa (zm. 1618 roku w Oliwie). Całości dopełniają płyty z inskrypcjami przedstawiającymi rodzinę oraz herby rodowe Kosów i Konarskich oraz ich przodków.
Wzdłuż północnej ściany nawy ustawione są boczne ołtarze (zobacz więcej) i renesansowe ławy (2) z XVII wieku. Także z lewej strony, pomiędzy bocznymi ołtarzami znajduje się Pieta (3) z 1910 roku i feretron (4) - Matka Boska Oliwska z 1788 roku.
Za pierwszym z bocznych ołtarzy (ołtarz Wszystkich Świętych) znajduje się Kaplica św. Jana Nepomucena zwana też Kaplicą Chrzcielną (5). Została dobudowana do nawy pólnocnej w latach 1610-1612. Natomiast jej rokokowy wystrój pochodzi z 1745 roku. W głównym polu ołtarza znajduje się obramowana skręconymi kolumnami (i rzeźbami świętych Floriana i Wacława) płaskorzeźba z białego stiuku przedstawiająca św. Jana Nepomucena klęczącego przed Matką Boską z Dzieciątkiem.
Naprzeciw kaplicy w trzecim przęśle, pomiędzy nawami główną a północną, umieszczono najnowszą i najmniejszą część organów czyli pozytyw (6). Jednak od strony północnej nie sprawia ona szczególnego wrażenia. Natomiast na piątym filarze, widać gotycki napis z 1386 roku (7) upamiętniający poświęcenie ołtarzy przez biskupa Stefana (zobacz).W siódmym przęśle po lewej stronie przebito w 1910 roku przejście i zbudowano pseudobarokową kruchtę (8).Idąc wzdłuż nawy północnej dojdziesz do nawy poprzecznej czyli transeptu.
