W kościołach cysterskich, zgodnie z regułą tego surowego zakonu, muzyka organowa była zabroniona do 1496 roku. Pomimo tego pierwsza wzmianka o organach, w cysterskim przecież, opactwie oliwskim dotyczy roku 1433. Niestety nic nie wiadomo o wyglądzie, czy konstruktorach tego instrumentu. Wiadomo natomiast, że przed rokiem 1577 w klasztornym kościele w Oliwie znajdowały się dwa instrumenty organowe. Wiadomo dlatego, że kronika oliwska zanotowała zniszczenie obydwu w tym właśnie roku. 

W 1580 roku zbudowano małe organy posiadające dwie klawiatury manuałowe o krótkiej skali. Instrument ten znajdował się jednak w Oliwie tylko przez kilkadziesiąt lat, gdyż później został zniszczony albo wywieziony do Szwecji. Zanim to jednak nastąpiło, dzięki hojności pomorskiej rodziny Kosów, która w 1599 roku ofiarowała 1000 florenów, zbudowano większe organy. Skonstruował je w latach 1603-1604 organmistrz Krystyn Neumann z Ornety. Wiadomo, że w 1604 roku grał na tym instrumencie znany organista z Gdańska - Kajus Schmidtlein. 

W 1626 roku wojska szwedzkiego admirała Karla Karlssona Gyllenhjelma zdobyły Oliwę. Wtedy też zostały zniszczone organy fundacji rodziny Kosów. Dość powszechnie uważa się, że małe organy zostały przez admirała Karla Wrangla (w 1655 roku) zrabowane i wywiezione do Szwecji i tam ofiarowane kościołowi w Skokloster, gdzie znajdują się do dnia dzisiejszego. (Jednak Jan Janca w swojej pracy - Zarys historii muzyki w klasztorze oliwskim w latach 1224-1831, Gdańsk 1991 - informuje, iż według szwedzkich badań organy w Skokloster zostały zbudowane w Szwecji w 1667 roku.)

Duże organy zostały odbudowane przez nieznanego organmistrza, a dzięki jego pracy mogły zagrać w styczniu 1628 roku. W czasach opata Antoniego Hackiego, w roku 1683, skonstruowane zostały nowe małe organy, umieszczone w południowym ramieniu transeptu. W Oliwie istniał jeszcze jeden instrument organowy. Mierzące prawie 4 metry wysokości i 1,80 mera szerokości organy zostały zbudowane prawdopodobnie pod koniec XVIII wieku (być może przez Gottlieba Paschke), a znajdowały się w pałacu opackim. Organy te zostały sprzedane po 1831 roku (po kasacie opactwa) i kilkakrotnie zmieniły właściciela, aż w 1935 roku znalazły się we Wrzeszczu jako własność Waltera Langego. Wiadomo, że instrument ten wykorzystywano w audycjach radiowych. Dokładny los tych organów nie jest znany, ale zapewne uległy zniszczeniu w 1945 roku.