Kościół zgodnie z regułą cysterską jest pomalowany na biało. Tylko żebrowane sklepienie przyozdobione jest złocistymi gwiazdkami, a wsporniki żeber - kolorowymi herbami dobroczyńców kościoła. W trzecim przęśle, po lewej stronie umieszczony jest pozytyw organowy (1) - najmłodsza (z 1967 roku) część organów. Naprzeciw znajdują się dwa wejścia (2) do Kaplicy Mariackiej (3) zwanej też Kaplicą Polską (obecnie jest to kaplica Gdańskiego Seminarium Duchownego). Wejścia są zamknięte renesansowymi kratami, a do kaplicy można się dostać z klasztornych krużganków (4). Na ścianach nawy głównej umieszczono obrazy (13 dużych i 10 małych) ze scenami z Nowego Testamentu i z życia św. Bernarda oraz portrety Apostołów, pochodzące z XVII i XVIII wieku. Niżej, na filarach, zawieszono w 2009 roku 14 obrazów Drogi Krzyżowej (zastępując stacje Drogi Krzyżowej z 1948 roku). W podłodze nawy głównej znajdowało się kilka płyt nagrobnych. Te, które jeszcze można było ocalić przed zatarciem przeniesiono do nawy południowej. Idąc wzdłuż nawą główną (jak również obydwiema nawami bocznymi) dojdziesz do nawy poprzecznej czyli transeptu.
